Die römisch-katholische Filialkirche St. Stephan in Weihenstephan, einem Ortsteil der Gemeinde Hohenthann im niederbayerischen Landkreis Landshut, ist ein spätgotischer Bau aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts, der im 17. und 18. Jahrhundert barockisiert wurde. Entsprechend dem Ortsnamen Weihenstephan ist das Gotteshaus dem heiligen Stephanus geweiht. Seine Geschichte ist in engem Zusammenhang mit dem Schloss Weihenstephan und den dort residierenden Adelsfamilien zu sehen. Die Filialkirche der Pfarrei St. Laurentius in Hohenthann ist als Baudenkmal mit der Nummer D-2-74-141-41 beim Bayerischen Landesamt für Denkmalpflege eingetragen.